Biskoppen og stiftsøvrigheden bistås af stiftsadministrationen, hvis daglige leder er stiftskontorchefen. Stiftsadministrationerne i de ti stifter finansieres af fællesfonden.
Stiftsadministrationen tilbyder desuden råd og vejledning til stiftets præster og menighedsråd og er i dag den største opgave for stiftsadministrationen.
Administrationen har på vegne af stiftsøvrigheden også den kontrolfunktion, at det skal føre tilsyn med præster og menighedsråd. Jo bedre rådgivningen er, des mindre kontrol er der brug for. Det giver de bedste muligheder for et tillidsfuldt samarbejde mellem folkekirkens forskellige ansvarsområder.
Stiftet administrerer også Folkekirkens Lønservice (FLØS), som dels er et lønsystem for menighedsrådene, dels anvendes til administration af løn og tjenstlige ydelser for præsterne.
Administrationen tager sig desuden af en række opgaver for stiftets menighedsråd og provstiudvalg. Det drejer sig om omfattende bistand i sager om ansættelse, lønfastsættelse, arbejdsforhold og afskedigelse ved kirker og kirkegårde. Desuden om rådgivning i byggesager, spørgsmål på gravstedsområdet som f.eks., hvordan kirkegårdsvedtægter og –takster skal forstås og anvendes.
Endelig udfører administrationen sekretariatsarbejde for stiftsrådet.
